Lịch sử hình thành địa lý hành chính
Trải qua các thời kỳ lịch sử, địa lý hành chính và tên gọi vùng đất phường Ninh Thủy ngày nay có nhiều thay đổi. Năm 1653, sau khi mở rộng bờ cõi nước Việt đến Bắc sông Phan Rang (tỉnh Ninh Thuận ngày nay) gồm tỉnh Khánh Hòa và một phần tỉnh Ninh Thuận ngày nay, chúa Nguyễn Phúc Tần cho lập dinh Thái Khang gồm 2 phủ: phủ Thái Khang và phủ Diên Ninh. Phủ Thái Khang ở phía Bắc có 2 huyện là Quảng Phước và Tân Định. Vùng đất phường Ninh Thủy ngày nay thuộc huyện Quảng Phước có các làng: Hà Bạc Hạ, Hà Bạc Thượng, Cồn Cạn.
Năm 1690, phủ Thái Khang đổi thành phủ Bình Khang, tên dinh Thái Khang thành dinh Bình Khang. Năm 1803 (năm Gia Long thứ hai), dinh Bình Khang đổi thành trấn Bình Hòa, phủ Bình Khang đổi thành phủ Bình Hòa. Năm 1831 (năm Minh Mạng thứ 12), phủ Bình Hòa đổi thành phủ Ninh Hòa. Đến năm Nhâm Thìn (1832), trấn Bình Hòa được đổi thành tỉnh Khánh Hòa. Phủ Ninh Hòa lúc này là đơn vị hành chính cấp trên của huyện Quảng Phước và huyện Tân Định.
Năm 1910, phủ lúc này không còn là cấp trên của huyện như trước mà phủ với huyện cùng cấp với nhau (đối với những địa phương lớn, quan trọng, có trụ sở phủ lỵ gọi là phủ, những địa phương nhỏ gọi là huyện). Tên gọi Quảng Phước mất đi từ đây và phần đất của huyện Quảng Phước (tổng Phước Khiêm, Phước Hà Nội, Phước Hà Ngoại) giao cho phủ Ninh Hòa quản lý. Lúc bấy giờ, các làng Hà Bạc Hạ đổi tên thành Ngân Hà, Hà Bạc Thượng đổi thành tên Bá Hà, Cồn Cạn đổi thành tên Mỹ Lương thuộc phủ Ninh Hòa.
Đến khoảng đầu năm 1931, chính quyền thực dân Pháp sáp nhập 03 tổng của phủ Ninh Hòa là tổng Phước Khiêm, Phước Hà Nội, Phước Hà Ngoại (phần đất của huyện Quảng Phước cũ) với huyện Tân Định và lấy tên là phủ Ninh Hòa (thị xã Ninh Hòa ngày nay); phần đất còn lại của phủ Ninh Hòa ( gồm 03 tổng Phước Tường Ngoại, Phước Tường Nội, Phước Thiện) lấy tên là huyện Vạn Ninh. Tên Tân Định mất đi từ đó. Phường Ninh Thủy lúc này thuộc tổng Phước Hà Ngoại (tổng Phước Hà Ngoại gồm các làng vùng Hòn Khói), phủ Ninh Hòa, tỉnh Khánh Hòa. Tổng phụ trách nhiều làng và đứng đầu tổng có chánh tổng, đứng đầu làng có lý trưởng.
Đối với chính quyền cách mạng, đầu năm 1946 (sau ngày Tổng tuyển cử bầu Quốc hội khóa đầu tiên 06/01/1946), tổ chức hành chính cấp xã được thành lập, làng cũ được đổi thành thôn.
Khi đơn vị hành chính cấp xã thành lập, tổng Phước Hà Ngoại chia thành các xã: Trịnh Phong (phường Ninh Hải ngày nay), Xuân Phương (phường Ninh Diêm và Ninh Thủy ngày nay) và xã Phát Đạt (xã Ninh Phước và xã Ninh Vân ngày nay). Xã Xuân Phương lúc này có các thôn: Thạnh Danh, Phú Thọ, Chánh Thanh, Mỹ Lương, Thủy Đầm, Ngân Hà, Bá Hà.
Cuối năm 1947, để thuận lợi trong việc chỉ đạo phong trào đấu tranh của quần chúng và lực lượng vũ trang, chính quyền cách mạng Ninh Hòa đã nhập 03 xã Trịnh Phong, Xuân Phương và Phát Đạt thành khu Hòn Khói và thành lập Ủy ban kháng chiến Hành chính khu Hòn Khói.
Đầu năm 1948, chính quyền cách mạng bãi bỏ các tên gọi phủ, châu, quận; lúc bấy giờ đơn vị trên cấp xã và dưới cấp tỉnh nhất loạt gọi là cấp huyện. Thực hiện chủ trương chung, phủ Ninh Hòa gọi là huyện Ninh Hòa.
Năm 1949, khu Hòn Khói chia thành hai xã là Hòa Nhân (bao gồm các phường Ninh Hải, Ninh Diêm và Ninh Thủy ngày nay) và xã Hòa Tín.
Trong thời kỳ chống Mỹ cứu nước, khoảng đầu năm 1956, chính quyền Việt Nam Cộng Hòa sắp xếp lại các đơn vị hành chính. Lúc bấy giờ xã Hòa Nhân chia thành 03 xã là xã Ninh Diêm, Ninh Thủy và Ninh Hải. Xã Ninh Thủy lúc này gồm 04 thôn: Ngân Hà, Bá Hà, Thủy Đầm và Mỹ Lương. Như vậy, tên gọi Ninh Thủy chính thức có từ thời điểm này.
Đầu năm 1960, khi phong trào đấu tranh cách mạng của hai xã Ninh Diêm và Ninh Thủy lên cao, để dễ quản lý, cai trị, chính quyền Việt Nam Cộng Hòa đã sáp nhập xã Ninh Thủy vào xã Ninh Diêm.
Sau ngày miền Nam hoàn toàn giải phóng, đất nước thống nhất, xã Ninh Diêm gồm có 08 thôn: Bình Sơn, Thạnh Danh, Phú Thọ, Phú Thạnh, Mỹ Lương, Bá Hà, Ngân Hà và Thủy Đầm.
Trước yêu cầu phát triển của quê hương, đất nước, nhằm tạo điều kiện phù hợp cho mỗi địa phương có thể phát huy cao độ mọi tiềm năng của mình, ngày 09/4/1981, Hội đồng Bộ trưởng ban hành Quyết định số 151/QĐ-HĐBT quyết định tách xã Ninh Diêm thành hai xã là xã Ninh Thủy và xã Ninh Diêm; lúc này xã Ninh Thủy có 06 thôn: Bá Hà 1, Bá Hà 2, Ngân Hà, Thủy Đầm, Mỹ Lương và Phú Thạnh. Xã Ninh Diêm có 04 thôn: Thạnh Danh, Phú Thọ 1, Phú Thọ 2, Phú Thọ 3; lấy cầu Bá Hà làm ranh giới giữa 02 xã.
Năm 2000, do địa bàn thôn Mỹ Lương quá rộng, Ban nhân dân thôn khó quản lý và điều hành các hoạt động trong thôn; chính vì thế, ngày 06/3/2000, Hội đồng nhân dânxã Ninh Thủy (khóa VIII) đã Quyết nghị tách thôn Mỹ Lương thành 02 thôn Mỹ Lương và Mỹ Á. Từ đây, xã Ninh Thủy có 07 thôn : Bá Hà 1, Bá Hà 2, Ngân Hà, Thủy Đầm, Mỹ Lương, Phú Thạnh, Mỹ Á.
Ngày 25/10/2010, Chính phủ ban hành Nghị quyết số 41/NQ-CP về việc thành lập thị xã Ninh Hòa và thành lập các phường thuộc thị xã Ninh Hòa, tỉnh Khánh Hòa; theo đó, thị xã Ninh Hòa có 07 phường (trong đó có phường Ninh Thủy) và 20 xã.
Sau khi thành lập phường, tên thôn đổi thành tổ dân phố, phường Ninh Thủy gồm có 07 tổ dân phố: Phú Thạnh, Bá Hà 1, Bá Hà 2, Ngân Hà, Thủy Đầm, Mỹ Lương, Mỹ Á và các tổ dân phố này giữ nguyên đến ngày hôm nay.